Google Adsenseについて教えてください。

URL チャネルを作成しないと、そのサイトの掲載結果を確認することはできません。
http://support.google.com/adsense/bin/answer.py?hl=ja&answer=126138

アドセンス歴長いので答えますね。

＞＞URLチャンネルの登録は、サイト全体での登録ではなく、ページ単位での登録になるのでしょうか？

これは自分で決めれますが、登録できる数が決まっているので（上限100ほどだったかな？）ページ単位でする人は少ないですね。
だいたいは、サイト別登録+広告掲載位置ですね。

123.comというサイトのためにチャンネルを作るとします。
チャンネル名は任意ですがわかりやすいのがいいでしょう。
123-head728
123-leftside200
みたいな形で自分は作成しています。
123-head728＝123.comのヘッダー728pxの広告
123-leftside200＝123.comの左サイドバー200pxの広告という意味です。



＞＞ページ毎のトラッキングは必要なく、できれば一つのドメイン（サイト）全体で、パフォーマンスを確認できればと考えています。

上記で書いた方法がそれにあたりますね。

＞＞先ほど試しに表示されないサイトのトップページをURLチャンネルに登録したのですが、その際にサイト登録を同時に済ませましたが、サイト登録をすると、サイト単位でのトラッキングが可能になるのでしょうか？

サイトの登録の意味がわかりません。
私が書いた方法でチャンネルを作成し、発行されたアドセンスコードを貼り付けると
チャンネル別（またはサイト別）でのデータがあがりますよ。
データが反映されていない場合は、
1　コードが間違っていないかチェック
2　サイトのアクセス数を確認。アクセスカウンターだけでみてませんか？　検索botだったりします。
3　2日ほど時間を置いてから確認する。

確認しながらやってみてください。

adsenseの設定　「自分のアカウントで特定のサイトの広告表示のみを許可する」にチェックが入っている場合、登録サイト以外のアクセスはカウントされません。

ホーム→アカウント設定→アクセスと認証→広告の表示を許可したサイト→自分のアカウントで特定のサイトの広告表示のみを許可する　の設定を確認してみてください。

また、新しいサイトを追加した場合、その下にある「サイト管理」から所有サイトとして登録しておいたほうが良いかと思います。