非上場中小ブラック企業の社長をやめさせる方法はありますか

　社長を退任させるためには、やはり株式の保持数が重要だと思います。
　社長が６０％を押さえているのであり、売却を考えていないのであればかなり難しいかと。
　社長以外の取締役が何人いるか分かりませんが、それらの取締役が社長に提言できる立場にあるなら、その方々に社の改善について頼るしかないのではと思います。
　ただ……それらの取締役の方にどやってコンタクトするか、そこら辺が問題になりますね。

　◆代表取締役とは - はてなキーワード ：
　http://d.hatena.ne.jp/keyword/%C2%E5%C9%BD%BC%E8%C4%F9%CC%F2
　こちらに、「代表取締役の選任・解任」という項目があります。
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　なお、給与未払いの件については「労働基準監督署」でご相談下さい。

　◆賃金でお困りなら 法テラス｜法律を知る 相談窓口を知る 道しるべ ：
　http://www.houterasu.or.jp/service/roudou/chingin/faq1.html

　ですが……監督署の中にはサボり気味の所もあるようなのでご注意を。実例が下記にあります。熱心な担当がついて下されば心強いかと思います。
　◆賃金未払い。どう請求するか?-みんなの法律相談【無料】 | 弁護士ドットコム ：
　http://www.bengo4.com/bbs/2154/

　また、業界ごとの労働組合等や、一人でも加入できる労働組合などがあります。
　そちらで労働相談などを受け付けていたりしますので、そういうのを探してみるのも方法です。
　◆労働組合 ネットワークユニオン東京 労働相談ページ 労働相談 ：
　http://www.netlaputa.ne.jp/~nut21/
　
　一度、監督署の方で相談か、または社員有志で上記のような労働組合に加入し、助言や助力をおねがいするという方法をとってみてはいかがでしょうか。

別の人が会社を立ち上げて、全員で転職すればよいのではないでしょうか？

普通、ある程度の大きさの会社になると、それが会社のカラーになります。暴力団は頭が変わっても暴力団のままです。
社長が替われば、みたいな事は結局他力本願でしかなく、解決へは結び付きません。もちろん自力でも非常に難しいのは確かですが。

申し訳ないですが、2番さんの案は競業避止として問題になる可能性が有ります。
新大阪貿易事件　大阪地裁　h3.10.15
営業課長、部長として13年間勤務してきた従業員が、退職後、元の会社と同じ商品を取り扱う新会社を設立し、元の会社の社員を引き抜いたり、一部の商品を無断で持ち出したりして競業行為を行った。
元の会社は、大口の得意先を新会社に奪われ、月商が10分の1に落ち込む打撃を受けた。
被告は入社時に、退職後3年間の競業避止特約を結んでいた。
裁判所は、事業の性質上重要な顧客情報の利用に関し、得意先を奪うといった競業の禁止行為を、その行為の申請人（会社）に対する影響が最も大きい退職直後の3年間に期間を限定し、特約によって禁止することは不合理ではなく、被申請人のいう職業・営業の選択の自由や生存権を侵すものでなく、公正な取引を害するものではない、とした。

日本教育事業団事件　名古屋地裁　s63.3.4
自らの地位を利用して傘下の従業員を勧誘して会社から独立しようとしたことに対し、懲戒解雇が有効とされた。

日本コンベンションサービス事件　最高裁 h12.6.16
国際会議等の企画、運営を行っていた取締役支店長・支店次長が、退職後、同種の事業を営む新会社設立に積極的に関与した。この行為に対し損害賠償400万円が認められた。

東日本自動車用品事件　東京地裁　ｓ51.12.22
旧会社の取締役らが一斉に退職して新会社を設立し、旧会社と同一・類似の商品を旧会社の得意先に販売した。
損害賠償請求が認められた。

こちらの窓口のいずれかに相談してはいかがかと。専門家に聞くのが手っ取り早くて確実だと思う。
http://matome.naver.jp/odai/2135735519188187901

社長を解任したい

労働基準法だけの違反では難しいですが、
他にも違法行為の証拠が重なれば、解任に追い込めるかもしれませんよ

取引先に動いてもらうのが一番です。
あの社長とは取引しないが、やめるなら付き合ってもいいといってもらえば
会社存続を考え社長は退任するでしょう。
社長も株を持っている限り配当もあるので、おとなしく引き下がるでしょう。

調べていたら似たような質問をしている人がいました。

http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1440406969

多分こちらが参考になると思います。