今まで電子書籍販売サイトで購入していたのですが

自炊そのものは現時点で問題がありません。ご自身が楽しむ限りにおいて著作権法３０条私的複製

個人的に又は家庭内その他これに準ずる限られた範囲内において使用することを目的とするときは、次に掲げる場合を除き、その使用する者が複製することができる。

により複製が認められています。
ただし、出版界から問題が指摘されているのも事実です。
個人による自炊作業そのものは出版界も認めているのですが、彼らが問題としているのは自炊された書籍が売りに出されているという点です。
その結果、一冊の書籍に対して同時の読者が二人以上存在するということになります。出版界としてはこれは認められないと考えています。
あくまでも、出版界に勤務する一社員と話した内容ですが、それなら問題ないでしょう。と言われたのが、少なくとも表紙と著作権表記のある２頁のみは保存しておくといった手法です。
因みに大手の図書館でも電子化が行なわれていますが、原本は原本として保存しています。
一般には自炊、業界からは電子化と呼ばれますが、時代の要請から著作権法も改正されるものと推測されます。少なくともそれまでは慎重に対応されるべきであると考えます。