時間のかかる処理をwebアプリが稼働している裏で行う方法を教えてください。

バックグラウンド処理はJavaサーブレットか何かで処理します。
クライアント側は、Ajaxによる非同期通信で実現できます。
サーバの処理が終わったら、Ajaxでデータを表示すればいいのです。

Ajax 非同期通信して取得したデータを表示する方法。
http://ajax.pgtop.net/article/76993492.html

cron 云々と言われているので、OS は unix 系ということでよろしい？

Django をよく知らないのですが、外部プロセスの実行は許されているんでしょうか？
もし、許されているなら、at コマンドを使うのがお手軽です。
→ Man page of AT

at コマンドは、処理をキューイングしてくれます。
時刻の指定ができますが、その時刻に動く保証は無くて、指定された処理を順番に実行します。
例えば、重たい処理をするスクリプト heavy_script.sh があったとして、

% echo "heavy_script.sh A" | at now
% echo "heavy_script.sh B" | at now
% echo "heavy_script.sh C" | at now

と、連続して at コマンドを実行しても、パラメータ A、B、C を渡した処理が順番に実行されます。

http://web-terminal.blogspot.jp/2013/04/php.html
方法の概念のみ説明します。
execはセキュリティ的に取り扱いには十分注意してください。
以下のコードはセキュリティ対策をしていないので、そのままでは使用しないようにしてください。

情報を受け取るecho.php
echo.phpはindex.htmlから送られてきたアドレスをwork.phpに処理させます。

サイトマップ作製に50分かかるとして、一つ目を0:00に行いました。この処理は0:50に完了します。
0:10に２つ目の処理要求が来たら、1つ目と並行してバックグラウンドで処理を行い、この処理は1:00に完了します。
0:20に３つ目の処理要求が来たら、1つ目、２つ目と並行してバックグラウンドで処理を行い、この処理は1:10に完了します。
：
：

という感じです。

<?php
$url=$_GET['url'];
exec("nohup php -c '' 'work.php' $url > /dev/null &");
?>

work.php
サイトマップ作成後、データを保存します。

<?php
$url=$argv[1];
//サイトマップ作成
$result=$sitemap_create($url);
//出力データをファイル名$urlで保存
file_put_contents("output/".$url,$result);
?>

index.htmlではecho.phpにurl送信後はjavascriptでhttp://test.com/output/[送ったURL]に一定時間ごとに読み込みを試みて、応答があれば作成完了の表示を行えばいいでしょう。