はてなダイアリープラスで複数のブログを作っていますが、Ping送信先が「全てのブログ」となっていて個別にPing送信先を選択できません。そういう仕様なのでしょうか？

ヘルプにもあるとおり残念ながらPing送信先は「全てのブログ」になる仕様です
http://hatenadiary.g.hatena.ne.jp/keyword/%E4%B8%80%E3%81%A4%E3%81%AE%E3%82%A2%E3%82%AB%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%88%E3%81%A7%E8%A4%87%E6%95%B0%E3%81%AE%E3%83%96%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%82%92%E5%88%A9%E7%94%A8%E3%81%99%E3%82%8B

複数のブログすべてで共通の設定は以下の通りです。これら以外の項目はそれぞれのブログごとに設定が可能となっています。

公開設定	キーワード一覧を公開するか
コメント・トラックバック設定	コメント拒否IPアドレス コメントメール通知 トラックバック拒否ドメイン トラックバックメール通知
アフィリエイト設定	Google AdSenseID AmazonアソシエイトID 楽天アフィリエイトID
外部サービス連携	Ping送信 Ping送信URL Twitterアカウント

ping送信先については送信先URLを記述する欄のすぐ下の記述にも注意しましょう

はてなダイアリーはGoogleブログ検索やYahoo!ブログ検索など代表的なPingサーバーにPingを送信しています。

記述を理解してもなお指定を分けたいならサブアカウントを用意してダイアリーを分けましょう
サブアカウントの取得方法はこちらのページを見てください
ダイアリープラスは個別に加入する必要があります
http://www.hatena.ne.jp/help/account