１.vbsと２.vbsで生成する２つを素材として３.vbsが合体させるというa.vbsを組んだのですが

前の回答と同様で それぞれ フラグとなるファイルを作成して
それぞれが 消えるまで ループして待つようにすればいいでしょう。

VBScriptはマルチスレッドに対応してません。

ファイルの読み書きはプログラム実行速度の足を引っ張りますし、
さらにそれを監視し続けるという方法はあまりにも非効率的です。

１.vbsと２.vbsの改善が無理で、どうしてもということであれば、
環境依存となりますがWin32APIを使う方法を検討しても良いでしょう。
下記「８ Shell関数の同期化のための方法 」が参考になるでしょう。
http://www.timberlandchapel.com/wsh.html

ぼくも、ウェイトがかからないループをぶんぶん回して終了を待ち合わせる、というのは拒否反応を起こすタイプです。
んで、こんなことを考えてみました。

３.vbs をちょっと工夫して、１.vbs と ２.vbs のスクリプトが作るデータが両方そろっていたら、目的の処理をするように書いておきます。
で、１.vbs と ３.vbs、２.vbs と ３.vbs を cmd.exe のパイプラインを使って順番に実行する、ということを、Exec メソッドで並列に行います。
ソースのイメージは、こんな感じ。

dim wsh
set wsh = CreateObject("WScript.Shell")
wsh.Exec("cmd.exe /c cscript １.vbs & cscript ３.vbs")
wsh.Exec("cmd.exe /c cscript ２.vbs & cscript ３.vbs")

先に終わった方の Exec では、３.vbs はデータがそろってないので処理を空振りし（というふうに、３.vbs を作っておく）、後に終わった方の ３.vbs が二つのデータを使って処理をする、と。

なぜかvbs的にオーソドックスな回答が出てないので :-)
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ateytk4a.aspx
Execを使って終了を待ちます。Sleepの値は適当に。

Dim wsh, exec1, exec2
Set wsh = CreateObject( "WScript.Shell" )
wsh.CurrentDirectory = "C:\Users\Desktop"
Set exec1 = wsh.exec("wscript １.vbs")
Set exec2 = wsh.exec("wscript ２.vbs")
Do While exec1.Status = 0 Or exec2.Status = 0
     WScript.Sleep 2000
Loop
wsh.Run "３.vbs",,true

あと、ちょっと捻って子プロセスの標準出力が閉じられるまで待ってみました。
これだとループは少ないはず。

Dim wsh, exec1, exec2
Set wsh = CreateObject( "WScript.Shell" )
wsh.CurrentDirectory = "C:\Users\Desktop"
Set exec1 = wsh.exec("wscript １.vbs")
Set exec2 = wsh.exec("wscript ２.vbs")
exec1.StdOut.ReadAll
exec2.StdOut.ReadAll
Do While exec1.Status = 0 Or exec2.Status = 0
     WScript.Sleep 100
Loop
wsh.Run "３.vbs",,true

＃まあ、３.vbsをいじれるならa-kuma3さんのがシンプルになりそうですが :->