アメブロにGoogleアナリティクスを設定しました。

最初のページを開いてそのまま直帰した場合などは1秒でも不思議はありません。
[ユーザー]-[サマリー]-[訪問時の平均滞在時間]はどのくらいですか？
(これが1秒なら確かに変です)

アクセスすべてが新規ユーザーなのはアナリティクスからみると設定初日は
全員新規ユーザーだからです。
経験上、一週間もすれば落ち着いてきますのでもうしばらく待てばOKです。

「Google プロダクトフォーラム」の「Google Analytics Japanese」で質問されるほうが、的確な答えが得られると思います。
http://productforums.google.com/forum/#!forum/ja

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Googleアナリティクスの場合、
PV数や訪問者数のがそれほどおかしくない値でとれている場合は、
スクリプトの貼り付けは問題なくて来ていて、
それ以上は、どうすることもできないんです。

見直すとしたら、ほかのブログパーツとバッティングしてるものがないか？とかなんですね。

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訪問別ページビューは、ブログの場合、1.5程度かそれ以下の場合が多いです。
一人で何ページも見てる人がいるのに少ない感じがしますは、実際はそういう値の人が多いようです。

この値はどうなってるでしょうか？

このあたりが1.3とかその程度以上なら、Googleアナリティクスは正常に動作してると思います。

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訪問時の平均滞在時間について

https://support.google.com/analytics/answer/1006253?hl=ja

上記のような方法で計算されているので正確ではないんですね。
0秒とか表示されてる人たちもいます。

ただ、平均滞在時間の２秒というのは明らかにおかしいと私も思います。
ブログの場合だと１分前後の場合が多いかと思います。

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アメブロの場合、普通のブログと違い、読者層が違うと思います。

5000人/月ことですが
これが検索による流入が多いのなら、普通のブログの値に近くなるかと思います。

検索流入が多い場合は、新規ユーザー比率が8割とか9割とかになるのも普通です。