休職時の有給消化、傷病手当金の違いについて教えてください。

あなたの会社の制度はよく存じませんが、私の、あるいは世間の多くの会社では、
ボーナスに影響します。つまり、ボーナスは、「休職や、無給休暇の日数分は
減らされる」のが普通です。有休休暇なら、たとえばボーナス平均2カ月分とするなら、まるまるもらえます（成績に依り上下しますが、その基本がです）。
ところが、2カ月休むと、半年（6カ月）ごとのボーナスは、（成績とは無関係に）4/6になります、すなわち標準が２カ月分なら1.3カ月分になります。

傷病手当金の金額 | 傷病手当金.NET
傷病手当金の支給額は、4-6月3ヶ月の平均の2/3です。
残業手当が基本給の半分を大幅に超えるなら、休職して、傷病手当金貰うことを考えてもよさそうです。
　ただし、社会保険料など給与天引きされていたものは、
休職中には自己負担です。(月収の20%位。直近の給与明細で確認してください。)

傷病手当金は同一の私傷病の場合、最初の給付日から1年半で打ち切られます。
ですから、年休を先に消化して、給付開始をなるべく遅らせる方が後々有利です。
今後同じ病気では手当金を受け取らないという絶対の自信があるならともかく、年休を先に消化する方がベターと思います。
年休が無くなると、次の付与までは遊びなどでは休めない事にはなりますが、同じ病気であれば初日から傷病手当金を申請する事ができます。要件の1つである3日連続の欠勤は年休であっても有効となります。
さらに、35日も年休が残っているという事は、普段、あまり消化していないという事ですよね？大事にとっておいても付与日から2年で失効するわけで、もったいない気が・・

傷病手当金の給付額は標準報酬日額の2/3です。確か、残業代は計算に入らなかったと思いますが、、、
（入ると社保料も上がる事になる）

自分の場合、有給を取得してから休職をしたら、傷病手当金が減額されました。
実労働時間が足りないので、その割合に応じて…という説明をされました。（欠勤の場合は救済措置があるが、年休は自分の都合で取るもの、という建前なので適用されないとか）