MTを長時間運転すると左足が疲れるのですが少しでも疲労軽減する方法教えてください。

ギアチェンジの回数を減らす走りを追求するという事になります。

街中などであればセカンド発進を用いて２速と３速だけで走るようにするなどというのが一例でしょうか。

運転用サンダルの類は使用されていますか？。
MT車の長時間運転では、靴の重さの足への影響は馬鹿になりません。軽い素材の運転用サンダルや体育館シューズの類を使えば疲労を軽減できますよ。
もちろん普通のサンダルだと危険なので、ちゃんとかかとを固定できる運転用のものを使いましょう。
裸足で運転ならさらに軽減できますが、安全性に難があるためお勧めはできません。

運転しているとアクセルを踏む右足の脛が痛くなるのですが、みなさんはどうしてい... - Yahoo!知恵袋
運転中の足の位置やペダルの踏み方に注意してみたり
運転で足が疲れなくなった(続き)｜勝帝の、３歩進んで２歩こけるブログ
こういうことをしてみるのもいいかもしれません。

運転中の疲労は、姿勢の改善によって軽減することが出来ます。

左足は、クラッチを真っ直ぐ力が入れやすいように踏んでいますか？
ついつい蟹股ぎみになってしまったり、足首だけで操作しようとすると
長時間運転では特に疲労してしまう結果になります。
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