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何らかのスキャナー + OCR処理 + 検索 の3つが必要になるかと思います。
・スキャナー
定番はScanSnap iX500です。
http://kakaku.com/item/K0000438099/
スキャン量によってもっと処理能力の高い物にするか、低い物にするか、またBookScan等の外注サービスにするか変わります。
・OCR
上記ScanSnapであれば、スキャン時オプションとしてOCR処理を有りにすることもできます。
また(ScanSnapにもついてくる)AcrobatでOCR処理をしたり、Evernoteに転送してOCRをかける方法もあります。
・検索
デスクトップ検索があると便利です。
WinやMacに標準装備されているもので良いのですが、ファイル内テキストも検索対象にするか確認しておくと良いと思います。
自分はかなり古く開発の終わったAppですがGoogle Desktop(Win)を愛用しています
スマフォでのファイル横断検索は･･･よく知らないです。
いずれも、何をどの程度スキャンしたいかによって最適なオプションが変わってくるので、より具体的なケースについて見てみると良いと思います。
http://mitaimon.cocolog-nifty.com/blog/2013/11/evernotescansna.html
http://jma.hateblo.jp/entry/2013/02/08/154405
http://www.itmedia.co.jp/pcuser/articles/1307/11/news127.html
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ありがとうございます。とても参考になりました！いずれにせよevornoteは、必須ですね。スマートフォンからの保存に、CamScanneというアプリがありますが、CamScanner+とCamScanner HDの有料アプリがありますが、ご存知でしょうか？どちらがどう違うのか、わからなくて困っています。
2013/11/12 09:35:58アプリの説明で「(高級アカウント)」と書いてあるのがPro版のみの機能ですね。
2013/11/12 09:46:38面白い翻訳ｗ
https://itunes.apple.com/jp/app/camscanner-hd-pro/id569846869?mt=8
右上の「さらに見る」をクリックして
・**画像上の文字でドキュメントを検索（高級アカウント）
・**画像上の文字をテキスト化可能（高級アカウント）
・*暗号化リンクでドキュメントを共有（高級アカウント）
の3つが有料版の機能です。
2つ目の「テキスト化」がOCRのことなので、(AcrobatやEvernoteでなく)このアプリでOCRしたいなら有料版を買うのが良いです。