フォルダ「3101」内には「index.html」があります。

下記の内容を「3101」の上のフォルダ上にhoge.batなどのファイル名で保存し，ダブルクリックで実行して下さい。
全部いっきに生成されます。動作確認済み。

@echo off


rem forループ内の環境変数を遅延展開する
SETLOCAL enabledelayedexpansion

rem 2から40まで数値を増減しながらループ
for /L %%i in (2, 1, 40) do (

  set DIR_NUM=%%i
  
  rem カウンター数値を0埋め
  if %%i LSS 10 (
    rem 遅延展開された環境変数は%ではなく!で囲む
    set DIR_NUM=0!DIR_NUM!
  )
  
  rem フォルダの名前
  set DIR_NAME=31!DIR_NUM!
  echo !DIR_NAME!を生成します。
  
  rem ディレクトリをコピー
  xcopy .\3101 .\!DIR_NAME! /e /c /q /y /i > nul
    rem xcopyのオプション http://www.k-tanaka.net/cmd/xcopy.php
    rem パスの最後に\は付けない http://ziddy.japan.zdnet.com/qa6056560.html
)

ENDLOCAL

echo 完了しました。

pause

コーディングのために参考にしたサイト：

BATのforループで，「0埋めされた数値」を連番で出力しよう （環境変数の遅延展開と，数値の大小比較判定の方法） - 主に言語とシステム開発に関して
http://d.hatena.ne.jp/language_and_engineering/20131116/BATLoopNumberIncrementByDelayedExpansion