MT初心者なので６速MTの運転なのですが、交差点曲がるときに６速で走っていた場合減速して３速に落とす場合６→５→４→３速か６→ニュートラル→３速のどちらのギアチェンジの方がいいでしょうか？

本来的には、質問者さんの仰られるように、1つずつギアを下げていき、フットブレーキに頼りすぎずエンジンブレーキを使っていくほうが望ましいのだと思います。

けれど、やはりその操作を毎回行うのは億劫なため、私は後者のように、とりあえず減速し、スピードにあったギアを選択するという形になっています。

速度と回転数に合ったギアを選択するのが原則。
ブレーキで一気に減速した場合は、途中をすっ飛ばして、適正ギアに入れましょう。
F1でも数段飛ばしは「減速時」には当たり前です。
ギアを頻繁に出し入れする方が、ギアやクラッチを痛めることになりかねません。

街乗りの場合速度も回転数もそんなに高くないので、6→ブレーキ→3、でいいですよ。
場合によっては2まで落としてもいいです、問題は速度と回転数を合わせればいいのですが、最初は戸惑う事もありますよ。
シフトダウンを正確に行うのは結構難しいです。
6→5→4→3のように落とす場合、ヒールアンドトゥで回転数を合わせると運転が楽しくなりますよ。
まずは、安全な場所で練習してみてください。

＞ 交差点曲がるときに６速で走っていた場合
　6速あるMT車運転したことありませんが、5速まである車では、
ウインカー出す→ブレーキで減速→4速→ブレーキで減速→3速→曲がる
としていた気がします。3速で曲がる状況って、あまりなかったです。　左後方からのバイクとか、対向車に注意しなくちゃならないので。

良い：ギアを1つずつ下げる丁寧な運転
可 ：一気に減速した場合、速度に合ったギアを選ぶ

でもどちらでも運転しやすい（技術があれば）方であれば問題ありません。

交差点というのはどれくらいのスピードで曲がるつもりの交差点なんでしょうか。それによって皆さんの解答のどれもだいたい正しくなってきますが。４メーター道路同士の小さい交差点と、片側３車線ずつとかの大きい交差点とじゃあ話が全然が違いますよ・・・

機械の構造や運転技術としてどうなのかは私もわかりませんが、減速の為にシフトダウンというよりは、減速した後でシフトダウンという方がスムースに走れると思います。　

昔クラッチペダルレスMTに乗ってました。（MTのクラッチだけ自動のやつ）
私は、長めの下り坂とかで積極的にエンブレを使いたいとき以外は一々減速のためのシフトダウンはしていませんでした。
速度を落としてから再加速する前のタイミングで速度に応じたギアに入れる、という感覚でした。
５速で巡航していて、交差点曲がる時は、ギアそのままエンブレ＋足ブレで減速して、アクセルを踏む寸前に２か３に入れるという感じです。
理屈で考えるとややこしく聞こえますが、アクセルを踏む際に、速度域に応じたギアにしておくという感覚です。
うちの車は横着して高めのギアのままアクセルを踏むとアラートがなってましたが、あくまでアクセルを踏んだときにトルクが足りないと鳴る、という仕様になっていました。
逆に５速のまま減速しただけでは何もなりません。

125ｃｃのバイク（５段）に乗ってましたが、アラートはないものの傾向は同じです。
（非力なのでトルクが足りないとすぐエンストしそうになります）

折角MTにお乗りなのですから、最もトルクを効果的にかけられるギア（つまり、一番加速しやすいギア）を選ぶのが良いかと思います。

減速しかしない時にはどのギアを選ぶかはあまり関係ありません。たとえば停止するときには、

6速→ブレーキ→エンストするまえにクラッチ切って→停止

ですよね。これはその後で加速する必要がないから6速のまま低速になっても問題ないからです。

ご質問の場合は、低速になってから加速に転じる必要があるので、減速した時点で適正なギアに入れるのが良いかと思います。

6速
→ブレーキ
→十分減速したら、その速度で一番トルクをかけられるギアに入れる
（人によってはブレーキ踏みながら回転数合わせるために踵でアクセル煽るかも）
→そのまま加速

ただ、交差点の少し前から少しずつ減速するのであれば、適宜6→5→4とシフトダウンしてエンジンブレーキをかけていくのも良いかと思います。