Aさんが自らの著作物Cについて、

エージェントを挟まない場合であっても、「公表」の手段にネットのサービスを使う場合、多くのサービス規約で他人の著作物のコピペ公開を禁じており、気づいた人が通報などの行為をおこなう可能性があります。その場合、両方本人であるとの釈明もうけつけられずアカウントが停止されることはあり得ます。（とにかく禁止されてることをやったのだからという理由）
同人誌のように、紙で配る場合は、そもそもデジタルデータのような簡単な無限コピペはできないので、配布相手をある程度選択できる手段であるから問題になりにくいのですが、これもうっかりするとトラブルには成り得ます。
著作権関連法はいりくんでおり、たとえば歌のＣＤ録音データを歌手本人がネットに公開すると、その歌手本人が多額の著作権料をジャスラックに請求されます。ぱっと見て本当に本人がやったのかどうかがわからないからです。
このように、エージェントの目だけでなく、社会の監視の目も厳しくなりつつあります。
また今後は著作権そのものも親告罪でなくなる可能性があります。したがって、同一作品をペンネームを替えて公表するときには、本当に同一人物なのです、といえる準備をしておかねばおっしゃるとおり、トラブルになりかねません。
ま、二回目の公開のときには後書きで「これはむかし書いたものです。そのころは～～という名前でやっていましたがペンネームを変更しました」と告知すればトラブル予防になるでしょうね。
　
ところで、最近作曲家が別の人の作品を自分の作品として発表していた事件があり、このばあいゴーストライター氏は自分の名前と作品を売り渡した相手の名前と二通りの公表手段をもっていたことになり興味深い例です。これは著作人格権の問題になりそうですね。