そうだとすると、中国語（普通話）と台湾語は殆ど同じではないかと推測しておりますけれど・・・
違いは、①文字（繁体字、簡体字）、②発音記号（ピンインか、）、③ワープロ入力方法（ピンイン入力、つまり、ローマ字）ということかな、と推測してますが、どうでしょう。
No.1
当学院では、標準語（北京語）以外、台湾華語レッスン・台湾語（ミン南語）レッスンも受講可能です。
台湾華語は台湾で使われている「標準語（北京語）」で、大陸の標準語とは表現や単語が異なる部分があります。
当学院の台湾華語講師は、中国本土への留学経験を持つ者が多く、「台湾と大陸では言い回しにどのような違いがあるのか？」などの疑問にもお答えできます。
No.2
北京語の講座があるにもかかわらず，あえて台湾語の講座が別に設けられているということは，それはミン南語の一種，漢語のミン方言の一種の「台湾語」です。（＝福建語に近い本省人の言葉）
もし「台湾華語」といった場合は北京語の台湾なまりのことを指し，発音はボポモフォで表記しますが，「台湾語」と混同なさらないでください。
中国語（普通話）と台湾華語は殆ど同じで，言い回しに差異がある程度ですが，
中国語（普通話）と台湾語は非常に異なります。
台湾語のあいさつなど日常会話フレーズ集 （ピンインと声調，カタカナ付き）
http://d.hatena.ne.jp/language_and_engineering/20130308/BasicGreetingsInTaiwaneseChinese
↑私が執筆した台湾語の記事です。
その中に声調や発音が記載されていますが，
北京語と台湾語では恐ろしいほどまでに異なりますよ。
文法はだいたい同じですが，音がまるで通じませんので，普通語とは完全に異なる外国語であると考えて下さい。
いまいちわからない場合は「普通語と広東語（香港近辺の方言）がどれほどかけ離れているか」という事情と同じですので参考にして下さい。
例えば
北京語は声調は４つで，変調は代表的なもので３声＋３声の組み合わせぐらい。
台湾語は声調は８つもあり，文末以外のすべての漢字が複雑なルールに従って変調します。
注音字母は、北京語およぴ台湾華語の発音表記のためのツールです。
それ以外の言語の発音を表記するためには使えません。
北京語とミン南語では、利用する音のセットが異なっており、 ピンインの振り方も、子音や母音の種類も異なっています。（北京語は普通語ピンイン、台湾語は教会ローマ字）
そのため、注音字母でミン南語を表すことはできません。
追記
>PC入力もピンインでやってます。これが大幅に変わると負担だなぁと思っちゃいました
>台湾人は、ネットはどうやって入力しているのでしょう？
方言は話し言葉なので，書く機会はありません。
むしろ，がんばって書いたところで，全く通じません。ネイティブすら，書き言葉は読めないのです。それが方言。
一般人が読み書きできるのは，普通語だけだと思って下さい。というか向こうでは普通語の読み書きすら怪しいです。
（広東語の場合は方言というよりしっかりした言語になっているので，別です。その方言を使った新聞とか刊行物があるので話者は読み書きもできます。
でも台湾語は，中国語の７大方言のうちメジャーではない勢力で，おもに話し言葉として利用されている方言なので，読み書きは普通語でこと足ります。）
方言の読み書きができるのは，それを外国語として学習している外国人だけで，勉強のための補助道具としてであれば読み書きも学ぶ必要もあります。
そうでないとしたら，例えば台湾語のピンイン方式である「教会ローマ字」は，ネイティブは全く読めません。というか，声調の数すら意識していません。普通語はネイティブでも１声・２声・・・などを意識していますが，台湾語の話者に１声，２声・・・など話してもちんぷんかんぷんです。彼らはふだん方言を意識しないで話しているので，体系的な文法は知らないし，書き言葉も知らないです。逆に言うと，そこで読み書きも可能な共通語として普通語が導入されました。
方言をPC入力する必要に迫られるのは，方言を教材として教えている人ぐらいです。ニーズがありません。ブログで方言の情報を入力するのも，かなりな苦労です。特殊文字を集めて手作業で入力したり，その方言にしか存在しないピンイン文字や漢字の文字を探してきたり，入力できなければ画像で代用したり。
メジャーな方言であれば，IMEの入力方法として確立しています（「広東語 IME」とか「北京語 入力方法」などでググって下さい）
が，その他の方言は，入力方法が確立されていません。上海語や台湾語・客家語などは厳しいです。方言の場合はピンインの表記方法すら統一されていませんから，方言データベースから該当する漢字を探し当てるのも大変な苦労です。
入力方法が確立していない方言については，入力するニーズ自体が少ないので，必要に迫られることも少ないとお考えください。
学習の際は手書きで済ませるか，似たような当て字や代字で済ませるのが通例です。
台湾語の場合，漢字を使わずにピンインだけでじかに文章を書くことすら多くあります。書き言葉としての漢字が存在しない単語もあるので，ピンインだけで文章を表記することも多くあるのです。
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以下は参考ページ
中国語の「七大方言」の違いをまとめた一覧表 ・・・北京語（普通語），広東語（香港語），上海語，台湾語などの差異の概要
http://d.hatena.ne.jp/language_and_engineering/20120712/ChineseDialectsSummaryTable
中国語方言字音データベース DATABASE OF PRONUNCIATIONS OF CHINESE DIALECTS
http://homepage2.nifty.com/Gat_Tin/fangyin.htm
台湾語 - Wikipedia
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%8F%B0%E6%B9%BE%E8%AA%9E#.E3.83.AD.E3.83.BC.E3.83.9E.E5.AD.97
Ē-mn̂g-ōe gú-im hē-thóng – Wikipedia
http://zh-min-nan.wikipedia.org/wiki/%C4%92-mn%CC%82g-%C5%8De_g%C3%BA-im_h%C4%93-th%C3%B3ng
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質問者です。実際の学校（語学専門学校や大学など）がどういうふうに、「台湾語講座」という名前
2014/03/01 20:28:53を使っているか、などの情報は参考になります。その学校の方のご説明であっても、受講生のご説明であっても、まったくの第三者のご説明であっても参考になるのは間違いないです。
私自身は、回答第一号者さんのご説明を喜んでいる次第です。
結局、どこの学校に通うかは、私が決めるわけですし、そのときには、自宅からの距離も考慮します（語学のためだけに下宿するにも、本業がありますし・・・ 通いやすいと継続して勉強しやすいです）。
台湾華語レッスン・台湾語（ミン南語）が、私の申した外省人の言葉、本省人の言葉に対応すると思いました。両方とも注音字母で勉強するのでしょうか？
2014/03/01 20:39:47私は、普通話を少し勉強しましたが、発音はピンインで習って、PC入力もピンインでやってます。これが大幅に変わると負担だなぁと思っちゃいましたが、発音を注音字母でやり直すのは当然としても、PC入力の件が不安になりました。台湾人は、ネットはどうやって入力しているのでしょう？