MTで車線変更で減速した場合のシフトの操作方法を教えてください。

車線変更でもし速度が落ちてしまったら、その速度に合ったギアに入れればいいです。
通常は一段落とすくらいでいいですが、あまり急ブレーキをかけながらの車線変更はするべきでないです。
危険ですので、一定の速度を保つか、10km前後の加減速にとどめておきましょう。

車線変更に限らず、速度の増減に対して、適切なギアに入っていればOKです。
適正な段数は、しばらく走っていればわかってくるはず。

皆さんの仰る通り、速度にあったギアを入れていくことが大切です。ただ、うまくいかないと感じる時は、どのような状態なのでしょうか？難しさを感じる状況や速度、うまくいかないと思う時はエンストしそうになるのか、ノッキングしそうになるのか、エンジン音はどう変わるかなどで、問題がわかりやすくなります。

　質問者様はマニュアル車初心者というよりも運転そのものが初心者なのでしょうか？
　オートマであれマニュアルであれ、移動しようとする先の車線の車の流れを著しく崩さない程度の車速に調えてから合流するのが普通だと思うので、特にシフト操作は気にしなくてもいいと思いますが。
　もしそんな余裕もなくどうしても車線変更せざるを得ないとすれば、５速車なら４速、４速車なら３速など、ある程度トルクがあって車速も伸ばせるギアに入れて前後の車の速度に速やかに合わせるのがいいでしょう。