公務員がアフィリエイトをしたり同人誌を販売するとやはり問題がありますか？

副業は儲かるためにするものですが、趣味という儲からなくてもやることは万人に許されているとおもいます。
そこの線ひきを自分で考えておくべきです。
たとえば売れている漫画家の同人誌の転売は儲け目的の副業とみられるでしょう。
業務に関係ない情報をのせた自作の同人誌を印刷原価程度で読んでもらえそうな人に渡すのは趣味でしょう。
アフィリエイトも、好きな作品を応援するサイトにその作品のリンクを１つ２つ貼る程度なら特に問題はないでしょう。
「情報サイト」という詐欺的なものなどは知らぬ間に違法にふみいっていることがあり、懲戒免職を受ける理由にもなりえます。

その他、株の売買が禁止される職もあります。
内定中の飲酒運転で内定取消しの例もあります。
公僕ですから身を慎んで職務に専念してください。