WindowsのSourceTreeで下記のbatをカスタムアクションで、差分ファイルを取得できるようになったのですが、

SourceTreeをインストールしていないので実物でのテストはしていませんが、単なるバッチファイルなのでおそらく大丈夫だと思います。

>作成ファイルがひとつしか存在しないため、差分の全てのファイルが取得されるように出来るか

結局DIFF_LISTにセットされるのが最後のファイル名だけになっているので、追記していく形にしなければなりません。

環境変数やコマンドラインでの文字数制限が8000文字程度なので、あまりにファイルが多すぎると破綻します。あと、パス名にスペースが入っていない前提になってます。

@echo off
setlocal ENABLEDELAYEDEXPANSION
set DIFF_LIST=
for /f %%A in ('git diff --name-only HEAD "HEAD^"') do set DIFF_LIST=!DIFF_LIST! %%A
git archive --format=zip HEAD -o archive.zip %DIFF_LIST% 
endlocal

>最新ではなく、カスタム操作として指定したバージョンのみの差分ファイルを取得できるようにしてほしい。

http://blog.44uk.net/2013/08/13/git-export-tools-for-sourcetre/
を参考にしました。

実行するスクリプトに下記のバッチファイル、パラメータに $SHA を入れればいけるはずです。

@echo off
setlocal ENABLEDELAYEDEXPANSION
set DIFF_LIST=
set NEW_SHA=%1
set OLD_SHA=%2
if "%OLD_SHA%"=="" set OLD_SHA=%NEW_SHA%^^
for /f %%A in ('git diff --name-only "%OLD_SHA%".."%NEW_SHA%"') do set DIFF_LIST=!DIFF_LIST! %%A
git archive --format=zip HEAD -o archive.zip %DIFF_LIST%
endlocal