肥料や農薬を売る場合許可が必要でしょうか？例えば、お店で購入し何度か利用した後、あってしまったりした物を想定しています。

肥料も農薬も農林水産省管轄で肥料取締法や農薬取締法の定めに従います。
肥料取締法
農薬取締法

肥料や農薬の販売には届出が必須となっていますので無届での販売（転売）は違法になります。
封を開けたものになると成分を証明することも難しくなるので、なおさら困難です。
農薬販売業届について
肥料関係届出等について

肥料や農薬の処分は許可を得た産業廃棄物業者でなければできません。業者などのことはよくわからないということであれば、お近くのJAなどに相談してください。

たいてい、販売物を買ったあとは、消尽論が適用され転売が可能になります。
ただ、薬物系はネットでも規制（薬事法など）がかかります。
シャンプーや石鹸なども、開封済みや自作調合だと薬事法にかかるのでヤフオクでは売れません。
一号さんの言うとおり、やはり開封してしまっているのがネック。
私も、本来は、売り買いするものではなく、使い掛けですがよろしければ…と
知り合いに使ってもらう（差し上げる）もののような気がいたします。
その肥料でおいしいものがなったらちょっとわけて下さい、というくらいしか請求できないかなと。
　
農薬でなく肥料なら、口コミで価値がわかるガーデナーさんにさしあげるとか、
近所の農家さん、タウン誌であたってみる、あと知り合いに
公民館などの管理者がいれば庭にでもまいてくださいと
さしあげるのは差し支えないでしょう。
買ったところに返品（返金なしでももともとというつもりで）という手もあるかも。
もともとあった入れ物が破損されて使用上の注意事項が読めないような状態（つめかえ分売など）で詳しくない人、知り合いでない人からお金を回収しようとするのはトラブルになるのでやめましょう。
（なお、肥料は重いので、送料がかかるので遠方の人はたぶん買いません）
　
ガーデナーさんにもこだわりがあり、
有機肥料の場合、原料と製造日、保管状態が良いとはっきりわかっている
（競争馬の糞、コウモリの糞）
ものしか買わないというガーデナーさんもいます。
（硫安　石灰　マグアンプ程度の有名化学肥料ならそこまで細かくいわれないです）
ちょっとききまわってだれも受け入れてくれなければ、
普通に燃えないゴミにだしたほうがいいとおもいます。