法人の決済の件でお尋ねします。今年は、自分で決済をするつもりなのですが、以前に経営者の方で経験された方々や税理士さんからのアドバイスをお願いします。

財務部の経験があるのでお答えします。
決算でなく法人申告のことですね。

質問１）

別表二（同族会社等の判定に関する明細書）が必要です。
同族会社がなければ、その確証となる書式が必要です。

質問２）

会計士が伴わない場合は、それが必要です。

質問３）

上記同様、会計士が伴わない場合は面談があります。
場合によっては（売上額によっては）現地監査があり得ます。

質問４）

会社規模によりますが、ある程度の規模の売上がある場合には会計士に委託することをおすすめします。公認会計士の存在（税理士ではダメ）は、当局の免罪符となり得ますので。

これまで税理士に委託して行っていた法人税の申告を今回からご自分でされることにしたとお見受けしました。その前提で回答します。

まず、ネット上で税務に関する質問を行うのは避けた方が賢明です。なぜなら、質問文から判断すると、税務に関するネット上の多様な回答の正否を見分ける力は失礼ながら今の質問者さんにはまだ備わっていないと感じるからです。一般にネット上の回答がすべて正しいとは限りません。むしろ誤っていたり不十分だったりすることも多いのです（自戒もこめて）。税務知識のように重要な事柄は確実な情報源から得る習慣をつけておくべきです。

今回のご質問のようなことなら税務署に直接電話をして聞きましょう。名乗らなくても初めての申告だと告げれば丁寧に教えてくれます。どうしても心配ならご自分が申告する所轄の税務署以外の税務署に発信番号非通知でかけてもいいと思います。また地元の納税協会でも簡単な質問なら電話で教えてくれますし、会員以外でも込み入った内容の相談に税理士が無料で応じてくれるところもあります。

不親切ととられるかもしれませんが、今後も様々な疑問がでてくることを考えてあえてこういう回答としました。ご了承ください。

追記：ご存知かと思いますが、今回のような簡単な手続きならともかく、踏み込んだ内容の税務相談を税理士の資格がない者が行うことは税理士法で禁じられています。