3DSラインで、録音できません。

今行っている事は、任天堂さんの保証しない仕様外の動作です。どうか自己責任で。3DSやDSiが壊れても、誰も責任を取ってくれません。この回答も嘘かもしれません。

DSi(音源)の音を聞きながら3DSで録音するには、DSiの音声ラインを分岐させる必要があります。しかしDSiの音声ラインは3DSのマイク端子に接続しなければ録音出来ないので、抵抗やアンプを間に入れて、インピーダンスの整合を取らなければ使えないと思います。

図のように接続されているはずです。(青/赤:L/R、緑:GND、黄:MIC)
イヤホンは3DSに接続されているので、3DSの音が聞こえます。

で、何度も抜き挿ししましたが、(3DS本体の)マイクの音をひろいます。
ミニプラグケーブルのみで録音するとちゃんとできます。

3DSラインは、うごキャラ日記に書いてある通りに動いてくれているようですね。
3DSライン - うごキャラ日記
こっちの記事も読んで分かったのですが、
3DSラインを万能にしたい - うごキャラ日記
3DSのマイク入力端子には電源電圧が重畳しているそうです。本体内蔵マイクと外部マイクは接続されているか、その切替は可能か、といった仕様は不明です。実際に録音出来るようですが、ライン端子を電源重畳のマイク入力端子に突っ込んでいるという事をお忘れ無く。