No1.phpから配列データをsessionで受け渡した後、MySql db に for loop で update するNo2.phpを作成しました。

二つ目のループが、一つ目のループの内側に入っていて、変数 $ct がカウントアップされてしまってます。
二つ目のループを、一つ目のループの外側に出してください。



No2.php にコメントを入れました。

<?php
    $dataCount=count($key);

    for($ct=0; $ct<$dataCount; $ct++) {
        $sql = "update DbTable set A = '".$a[$ct]."', B = '".$b[$ct]."' where key = '".$key[$ct]."'";

        $result = mysqli_query($link, $sql);

        if(!$result){
            echo "SQL文の発行に失敗しました<br>";
            exit();
        }

        echo "<table id='test' border='1'>";
        echo "更新を完了しました";

        // ★このふたつ目のループが、ひとつ目の内側に入ってる
        for($ct=0; $ct<$dataCount; $ct++) {
            echo "<tr><td>".$a[$ct]."</td><td>".$b[$ct]."</td></tr>";
        }
        // ★このループを抜けたときには、$ct == $dataCount になってる
        echo "</table>";
    }

    mysqli_free_result($result);
    mysqli_close($link);
?>

No2.php で、ふたつ目のループ（というか、<table> を出力するロジック）を、ひとつ目のループの外に出します。

<?php
    $dataCount=count($key);

    for($ct=0; $ct<$dataCount; $ct++) {
        $sql = "update DbTable set A = '".$a[$ct]."', B = '".$b[$ct]."' where key = '".$key[$ct]."'";

        $result = mysqli_query($link, $sql);

        if(!$result){
            echo "SQL文の発行に失敗しました<br>";
            exit();
        }

    }

    mysqli_free_result($result);
    mysqli_close($link);

    // ★ひとつ目のループの外に出す
    echo "<table id='test' border='1'>";
    echo "更新を完了しました";

    for($ct=0; $ct<$dataCount; $ct++) {
        echo "<tr><td>".$a[$ct]."</td><td>".$b[$ct]."</td></tr>";
    }
    echo "</table>";
?>