FreeBSD 8.2+ZFS(RAID-Z)でファイルサーバー(いわゆる自宅鯖)を構築しています。

zpool createではなくzfs createでしょうか？それだとzpoolが既になければならない気がしますが、すでにプールはあったのでしょうか？
「プールの中身が消えてしまったように見えます」というとそれまでは中身が見えてた様に読めますが、それならすでにpoolは認識していた、移行する必要なかった様に感じます。
あと、「プールの中身が消えてしまった」というのはzpool listで何も出ないということでしょうか？
空のファイルシステムが作られてマウントされたのでファイルが見えなくなっているだけではなく？
zfs createならpoolがなくなることは無いだろうし、zpool createでも警告なしに消してしまうことは無かったと思うから大丈夫な気はしますが状況がよくわかりません。

通常はzpool importすればmountまでしてくれるのかな？それともそのあつzfs mountするのかな？
＃あまり詳しくないです。
とりあえず、zpool statusとzfs listで現況確認からでしょうか。