フォルダー内まで確認して同期するソフトはありませんか？？

http://www.takenet.or.jp/~ryuuji/realsync/
これとか？

ソフトなんか使わなくても、robocopyコマンドを使えばできますよ。

http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/0704/20/news130.html

rsyncやlsyncはどうでしょうか？

同期と一口に言っても、

片方に合わせるミラーリングなのか、
双方向のコピーなのか
衝突時にはどちらを優先させるか


イロイロ考えなくてはいけないことは多いとおもいます


何も考えずにdropboxでどうです？

https://www.dropbox.com/m

このようなソフトのことでしょうか？
ばっちり同期
http://www.risefly.com/IndexJpn.htm
それともこういうようなソフトでしょうか？
アイドル☆バックアップ
http://www.vector.co.jp/soft/winnt/util/se453528.html
CompFolder
http://www.vector.co.jp/soft/win95/util/se265113.html
FileVisor6
http://www.lightship.co.jp/FileVisor6/help/operation/folder/syncdir.htm

そんな誰が作ったかも分からないソフトを入れるべきではない。

マイクロソフトが純正で同期ソフトを無料で配布している。

その名は「SyncToy」

SyncToy 2.1
http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=15155

↓ソフト解説

http://www.forest.impress.co.jp/docs/review/20100203_346653.html

http://news.mynavi.jp/articles/2011/05/06/synctoy/

windowsに組み込まれているコマンドを利用するのが一番安全で簡単ですよ。

バッチファイルにしても可能ですし、コマンドを叩くだけでできますよ。

http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc733145(v=ws.10).aspx