とんでもないことを知ってしまったようです。中学三年生男子。

お父さん本人に正直に言いましょう。
見たことをありのままに、事実だけを、できれば自分の意見は付け加えずに。

お母さんに言うのはいけません。告げ口になるからです。
それにお父さんにも「通信の秘密」という権利があり、それがお父さんのパソコンである以上、盗み見て他人に伝えることは良くないことでもあります。

お父さんにありのままを正直に伝えて、それからお父さんがどうするかは、お父さん自身の判断です。お父さんとお母さんがどう考えるかも、大人同士の二人の問題ですから、二人の判断に任せるべきでしょう。

それよりも今回のことを知って、あなた自身が必要以上にショックを受けないように願っています。大人には多かれ少なかれ浮気心というものはあります。それを我慢しているわけですが、我慢できない場合もあるでしょう。

お父さんもエッチだなあ、ぐらいに思っておいたほうがいいと思います。

正直にではなく、出かけたときのお父さんを町中で見た
（だれかといっしょにいたわけではないが）などという話にして、
泳がせたほうがいいのではないかとおもいます。
お父さんも、妻子に嫌な思いをさせかねないことに気づいたら、
行状に気をつける（危ないことをしようとしていたとしてもやめる）ようになるのでは。
また、万が一、他の人から聞いてサイトを見てみただけの場合、
子供にうたがわれることは父親でも気分が悪いですから。

お父様にやめてもらいたい場合、本人に直接「知ってしまった。やめてほしい」と言うのではなく、言葉の端々で気付いてしまったことをほのめかして「もしかしてバレているかも…？」と気付かせる方がのちのちを考えるといいかもしれません。

夫婦げんかはなんとやら。しかも、やってる現場に遭遇でもしちゃったならともかく、たかがサイトだろ？ガキが口を出す問題じゃない。
もう絶対パソコン使わせん。
黙ってろって。
浮気の1回や2回、誰だってするんだよ。不倫は文化じゃ、ｗ