インターネットVPNサービスについて

セキュリティと言うよりは、プライバシーの話になると思います。
インターネットを使う際に VPN を場面はふたつあると思います。
ひとつは以下のページにあるように PROXY サーバと同じような使い方です。
http://ever-vpn.com/anonymousvpn.htm
インターネットを使うと言った場合には、ほぼ Web だと思いますので PROXY を通すのとあまり変わりがありません。
端末の情報はインターネットに流れませんが、VPN サーバとサイトとの間は通常の通信です。

もうひとつは以下のページにあるようにVPNを通してインターネットを使う場合です。
http://ascii.jp/elem/000/000/458/458944/
拠点間を VPN で結び暗号化された通信をすることで傍受されても通信内容が漏えいしません。
Web は SSL でも通信が可能ですが、独自のプロトコルで通信するような場合に暗号化の実装をする必要がありません。
相手先にもVPNルータが必要なので一般的なWebで利用できるわけでは無く、専用回線代わりにインターネットを使うというような目的で利用されます。