デュアルブート解除の方法について

現在、Win8.1 Pro 64bitとWin7 Pro 64bitを別の物理HDDへインストールしてデュアルブートで使用しています。（Win8の後にWin7をインストールしたので不具合が出ていますが…）
ソフト等をリセットするためにWin8.1にまとめようと思っています。
※ブートマネージャーで選択して起動しています。
この際のリセット方法はどうすれば良いのでしょう？
ただWin7が入っているHDDをフォーマットすればよいだけでしょうか？
MBR等に余計なゴミが残ってしまわないか心配です。