ONUとPCを直接接続する予定ですが、セキュリティ的に大丈夫でしょうか？

一般的に、間にルータがある場合、意図的な設定をしない限り、インターネット側からルータの内側にある PC 等に直接接続することはできません。

それに対し、言われている ONU に直接接続している場合、PC 自体のファイアーウォール機能次第になります。

なので、原理的には、間にルータがある方が、直接的な攻撃を受けない、という意味で安全性が高くなります。

ただ、実際の攻撃手法として、インターネット側からの直接的な攻撃よりも、

• マルウェア（コンピュータウィルス）を置いた Web サイトを用意する。
• URL を書いたメール送る、などして、マルウェアを置いたサイトからダウンロードさせる。
• ダウンロードしたマルウェアを実行すると、特定のサーバに接続して、収集した情報を送信したり、マルウェアを仕掛けた側からの命令を待ち、実行する。

ということが広く行われているので、ルータで守られているのは、インターネット側からの直接的な攻撃に限られます。

じゃぁ、全く効果がないかというと、例えば、新しい PC をセットアップするときや、OS から再インストールするときなどは、リリースされているアップデートのインストールが完了するまでは、まぎれもなく既知の脆弱性が存在している訳ですから、ルータの内側から行った方が安心です。