１６年前に新築したときのハウスメーカーとの建築契約書のなかの代金の明細を、詳細に見直してみたら、ひとつの部材が施工していないことがわかりました。気がつかないほうも全くお恥ずかしい話ですが、施工を手抜きしたハウスメーカーも契約違反とはならないのでしょうか。１５年以上を経過しているので、いまさら無理でしょうか。

契約書に添付されている「契約約款」に「瑕疵担保条項」がありますので、そこに記されている期間内（物件引き渡しからの期間）であれば、施工元（ハウスメーカー）に無償で工事のやり直しを求めることができます。

参考サイト
http://www.mamoris.jp/kansei/jigyousya/itaku/itaku-4.html
工事請負契約約款・住宅保証機構

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請求・支払・引渡

瑕疵の担保

第24条

契約の目的物に施工上の瑕疵があるときは、甲は、相当の期間を定めて、乙にその瑕疵の修補を求め、または修補に代えもしくは修補とともに損害の賠償を求めることができる。ただし、その瑕疵が重要でなく、かつ修補に過分の費用を要するときは、甲は、修補を求めることができない。

2.第1項の規定により乙が瑕疵を担保する責任を負うべき期間は、引渡しの日から木造の建物については1年、石造、金属造、コンクリート造及びこれらに類する建物その他土地の工作物もしくは地盤については2年とする。

3.この契約が、住宅品質確保促進法第87条第1項に定める住宅を新築する建設工事の請負契約である場合にあっては、乙は、第2項の規定にかかわらず、引渡しの日から10年間、住宅のうち構造耐力上主要な部分または雨水の浸入を防止する部分として同法施行令第6条第1項または第2項で規定するものの瑕疵（構造耐力または雨水の浸入に影響のないものを除く。）について民法第634条第1項及び第2項前段に規定する担保の責任を負う。

4.甲は、第1項または第3項の瑕疵による減失または毀損の日から1年以内でなければ、第1項または第3項の権利を行使することができない。
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http://www.nichibenren.or.jp/contact/information/iedukuri_yakkan.html
日弁連住宅建築工事請負契約約款・日本弁護士連合会
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第４章　契約の変更・違反・責任

第２５条 （瑕疵の担保）

1.契約の目的物に瑕疵（設計図書、又は、第３条１項の技術基準に違反している場合をいう。以下同じ。）がある場合には、甲は、乙に対して、相当の期間を定めて、その瑕疵の修補を求め、又は修補に代え若しくは修補とともに損害の賠償を求めることができる 。

2.前項の瑕疵修補の方法は、契約の目的物を、設計図書、又は、第３条１項の各技術基準に適合させ、瑕疵のない状態に回復させるために必要かつ相当な方法とし、別紙瑕疵補修方法一覧表に記載がある瑕疵については、同表記載のとおりの方法によることとする。

3.建築物の耐震改修の促進に関する法律に基づく補強方法は、修補方法としては採用できないものとする。

4.第１項による瑕疵担保期間は、甲に引き渡した時から10年間とする。但し、瑕疵が乙の故意又は重大な過失によって生じたものであるときは、甲に引き渡した時から20年間とする。

5.前各項の規定は、第16条４項の各号によって生じた契約の目的物の瑕疵又は滅失若しくは毀損については適用しない。但し、同条５項に該当するときはこの限りでない。
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http://www.refonet.jp/csm/info/guarantee_duty.html
民法における瑕疵担保責任・リフォネット