フラット35の契約書には、ハイパーインフレなどの非常時には金利が変動するというような、特例のような項目は含まれているものなのでしょうか。

金利が変動したら、フラットとは呼べません。何があっても、フラットなら金利は固定でなければおかしいですね。

> 特例のような項目が無い場合でも、過去の事例などから法律の変更等で変わる可能性は残っているものなのでしょうか。

絶対にないとは言えません。刑事であれば行為時に合法だったことを法改正で処罰することは憲法違反ですが、民事では遡ることもあり得ます。普通は契約時の法律が適用されますが。

フラット３５と申しましても返済期間中の金利が変動するケースがございます。

ひとつはフラット３５Ｓと申します優遇措置でございます。
http://www.flat35.com/loan/flat35s/index.html

　【フラット３５】Sとは、【フラット３５】をお申込みのお客さまが、省エネルギー性、耐震性などに優れた住宅を取得される場合に、【フラット３５】のお借入金利を一定期間引き下げる制度です。

もうひとつはすでに終了してございますが返済困難者に対しての特例措置が行われたことがございます。
http://isolf.com/kaisetu/kiso/flat35-2/518-flat35tokurei

特例措置の内容

1. 返済期間を最長で15年間前で延長が可能
2. 失業、もしくは一定以上の収入減の場合、最長3年間は利息の返済のみで、元金を据え置ける
3. 上記の元金据置期間中は0.5％の金利引き下げかが可能

もちろんこれらについては借りる側にいたしましては歓迎する話でございますが金利の引き下げはよくて引き上げは一切まかりならんという契約にはなっておらないと推察いたします。