はてなブログのトップページの記事にコメント数を表示し、はてなダイアリー同様にそのコメント数をクリックすると個別記事ページのコメント欄に移動するようにしたいです。

javascript で書いてみました。
はてなブログの「デザイン」→「カスタマイズ」から「ヘッダ」を選んで、タイトル下に、以下のコードをまるっと追加してください。

<script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.9.1/jquery.min.js" type="text/javascript"></script>
<script type="text/javascript">
(function($){
    $(function() {

        /*
            question:1421685371
            はてなダイアリーちっくなコメント表示
        */
        var akuma3_change_comment = function(entry) {
            if (! /^\/entry/.exec(window.location.pathname)) {
                $("footer.entry-footer div.comment-box", entry).each(function() {
                    var n = 0;
                    var cb = $(this);
                    var ec = $("li.entry-comment", cb);
                    if (ec.length > 0) {
                        n = n + ec.length;
                        var rmc = $("li.read-more-comments a", cb);
                        if (rmc.length != 0) {
                            var r = /\((\d+)\)/.exec(rmc.text());
                            if (r) {
                                n = n + parseInt(r[1], 10);
                            }
                        }
                    }
                    cb.css("display", "none");

                    var footer_section = $("p.entry-footer-section", entry)
                    $(".akuma3_comment_link", footer_section).remove();
                    var link = $("a.entry-title-link", entry);
                    var c = '<a href="' + link.attr("href") + '#c" class="akuma3_comment_link">コメント(' + n + ')</a>';
                    $(c).appendTo(footer_section);
                });
            }
        };

        var add_code = 
            "var akuma3_change_comment = " +
            akuma3_change_comment.toString() + ";\n" +
            "akuma3_change_comment(entry);\n"

        var s = Hatena.Diary.Pages.Blogs['*'].initEntry.toString();
        s = s.replace(
                /Hatena.Diary.SpeedTrack.record\("Pages.Blogs\['\*'\].init.showEntryInfo"\);/,
                "Hatena.Diary.SpeedTrack.record(\"Pages.Blogs['*'].init.showEntryInfo\"); \n" + add_code
                );

        s = s.replace(
                /Hatena.Diary.Pages.Blogs\['\*'\].leaveCommentHandler\(entry, \$button\);/,
                ";");

        s = s.split(/\n/).slice(2, -2).join("\n");

        var initEntry = new Function("entry", s);

        self = Hatena.Diary.Pages.Blogs['*'];
        $('article.entry').each(function () {
            var $this = $(this);
            $("ul.comment > .entry-comment", $this).remove();
            if (/^\/entry/.exec(window.location.pathname)) {
                if (window.location.hash == "#c") {
                    var cb = $("footer.entry-footer div.comment-box", $this);
                    cb[0].scrollIntoView();
                }
            } else {
                $("footer.entry-footer div.comment-box", $this).each(function() {
                    var cb = $(this);
                    cb.css("display", "none");
                });
                var footer_section = $("p.entry-footer-section", $this)
                var link = $("a.entry-title-link", $this);
                var c = '<a href="' + link.attr("href") + '#c" class="akuma3_comment_link">コメント(0)</a>';
                $(c).appendTo(footer_section);
            }
            initEntry.apply(self, [$this]);
        });


    });


})(jQuery);
</script>

リンクは、それぞれの記事の最後、日付の見た目になっている記事へのパーマリンクの隣に作ってます。



ぼくのはてなブログに仕込んでみました。
↓の URL だと、コメントがついてる記事がありますので、様子が分かると思います。
http://a-kuma3.hatenablog.com/?page=1384865161



かなり強引なやり方をしてます。
ページを読み込んだときに動く処理の一部を書き換えて、もう一回動かしてます。
なので、将来的に、はてなの方で修正を入れると動かなくなる可能性があります。

コメントの部分は javascript で動的に追加されるのですが、タイミングがとても遅くて、もしかして環境によっては上手く表示されないかも...