CRONでの処理について教えてください。

ランキングを作るだけなら、60秒もかからないと思いますよ。
CRONを使う必要もない気がします。

cronを設定する時刻は、0分丁度や30分丁度は避けた方がいいです。

同じくさくらレンタルサーバーのスタンダードプランで、twitterのbotを運用していたことがあります。
　
処理の頻度は1日1回ということなので、cron自体の制限にはかからないと思います。
　
処理の負荷はランキング処理の内容と量次第という感じです。
自分の経験としては、もともとインストールされていないソフトをビルドしたら、処理を途中で中断されました。（コンパイルは青天井にCPU使ってしまうので……）
手作業、自動実行にかかわらず、CPU利用率が一定を超えたJOBを強制終了するようになっているものと推測します。
その際は、niceコマンドを使って優先度下げたら、中断されずに完了しました。時間がかかっても良いなら、お薦めの手段です。

実際に動かして時間を測定し、それにより判断したほうがいいと思います。

cron設定の基本

http://dqn.sakusakutto.jp/2012/06/cron_crontab9.html

ランキングの対象となるテーブルに適切にインデックスが張られていて、ランキングの結果が全件でなければ一瞬でランキングの作成が終わると見積れます。
全件に対してランキングを作成する場合、おそらく SELECT がファイルソートになるので、レコード数が多いと時間がかかります。
以下参考例です。

MariaDB [hatena_question]> SHOW CREATE TABLE item;
+-------+-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
| Table | Create Table                                                                                                                                                                                                                                  |
+-------+-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
| item  | CREATE TABLE `item` (
  `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `name` varchar(10) NOT NULL,
  `count` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
  PRIMARY KEY (`id`),
  KEY `count` (`count`)
) ENGINE=InnoDB AUTO_INCREMENT=204443 DEFAULT CHARSET=utf8 |
+-------+-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
1 row in set (0.00 sec)

MariaDB [hatena_question]> SELECT COUNT(*) FROM item;
+----------+
| COUNT(*) |
+----------+
|   204442 |
+----------+
1 row in set (0.05 sec)

MariaDB [hatena_question]> SELECT * FROM item ORDER BY count DESC LIMIT 10;
+--------+------------+-----------+
| id     | name       | count     |
+--------+------------+-----------+
| 102711 | item102711 | 399298036 |
|  34929 | item34929  | 399297693 |
|   5962 | item5962   | 399292859 |
| 180578 | item180578 | 399286130 |
|  40471 | item40471  | 399285684 |
|  41353 | item41353  | 399282738 |
| 134448 | item134448 | 399281769 |
| 101184 | item101184 | 399280862 |
| 202852 | item202852 | 399280606 |
| 170867 | item170867 | 399277978 |
+--------+------------+-----------+
10 rows in set (0.00 sec)

MariaDB [hatena_question]> explain SELECT * FROM item ORDER BY count DESC LIMIT 100;
+------+-------------+-------+-------+---------------+-------+---------+------+------+-------+
| id   | select_type | table | type  | possible_keys | key   | key_len | ref  | rows | Extra |
+------+-------------+-------+-------+---------------+-------+---------+------+------+-------+
|    1 | SIMPLE      | item  | index | NULL          | count | 4       | NULL |  100 |       |
+------+-------------+-------+-------+---------------+-------+---------+------+------+-------+
1 row in set (0.00 sec)

MariaDB [hatena_question]> explain SELECT * FROM item ORDER BY count DESC;
+------+-------------+-------+------+---------------+------+---------+------+--------+----------------+
| id   | select_type | table | type | possible_keys | key  | key_len | ref  | rows   | Extra          |
+------+-------------+-------+------+---------------+------+---------+------+--------+----------------+
|    1 | SIMPLE      | item  | ALL  | NULL          | NULL | NULL    | NULL | 204835 | Using filesort |
+------+-------------+-------+------+---------------+------+---------+------+--------+----------------+
1 row in set (0.00 sec)

[サブクエリを使ったランキング]
参考サイトで挙げられている SQL によるランキング集計は、DEPENDENT SUBQUERY になるのでスケールしません。100 件のランキングを作るのでも 3秒 もかかります。全件でランキングを作成しようとするとおそらく終わりません。
PHP でランキング計算をして、データを更新するのがよいでしょう。

MariaDB [hatena_question]> explain SELECT id, count, (SELECT COUNT(*) FROM item sub WHERE sub.count > main.count) + 1 AS rank FROM item main ORDER BY count DESC LIMIT 10000;
+------+--------------------+-------+-------+---------------+-------+---------+------+--------+--------------------------+
| id   | select_type        | table | type  | possible_keys | key   | key_len | ref  | rows   | Extra                    |
+------+--------------------+-------+-------+---------------+-------+---------+------+--------+--------------------------+
|    1 | PRIMARY            | main  | index | NULL          | count | 4       | NULL |  10000 | Using index              |
|    2 | DEPENDENT SUBQUERY | sub   | index | count         | count | 4       | NULL | 204109 | Using where; Using index |
+------+--------------------+-------+-------+---------------+-------+---------+------+--------+--------------------------+
2 rows in set (0.00 sec)

MariaDB [hatena_question]> SELECT id, count, (SELECT COUNT(*) FROM item sub WHERE sub.count > main.count) + 1 AS rank FROM item main ORDER BY count DESC LIMIT 100;

100 rows in set (2.94 sec)