Excelの並べ替えについてお願いいたします。

AからZの次に，AA，AB,・・・AZ,BA，・・・となっている並びをソートしたい
ということですね。

ちょっと手間はかかりますが方法はあります。
アルファベットを数値に変換するのです。

・C列に，並び替え用のカラムを設ける。
・A列とB列のアルファベットを，数字に変換してC列に格納する。
・C列でソートする。

という流れです。

アルファベットを数字に変換する際には，１文字につき，下記の対応があると思ってください。
A：01
B：02
・・・
Z：26
これが対応表１です。

文字を指定した数字に変換excelでアルファベットを指定した数... - Yahoo!知恵袋
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q10141547780


で，いまデータとして存在するのはアルファベットが２文字まで並んでいるわけですから，
上記の対応表を２文字分にくっつけます。

A:0001
B:0002
・・・
Z：0026
AA：0101
AB：0102
・・・
AZ：0126
BA：0201
BB：0202
・・・

という具合です。
これが対応表２です。
対応表２を手動で作るのは大変ですから，文字列の置換などして関数で作りましょう。

で，列Aと列Bであわせて最大４文字のアルファベットがあるわけですから
その４文字を数字に変換するために，VLOOKUPを使い
対応表２を参照するのです。

列AにAA，列BにZと入力されていれば
列Cには　01010026　という数字が入るわけです。
前半４桁が列A，後半４桁が列Bを表しているのです。

これができたら，列Cでソートします。

結果として，希望する並び替え結果が得られます。

いかがでしょうか。ちょっと複雑ですが。。。

Sub Macro1()
    
    Sheets.Add After:=Sheets(ActiveSheet.Index)
    ResSht = ActiveSheet.Name
    ActiveSheet.Previous.Select
    
    j = 1
    For i = 1 To Range("A1").End(xlDown).Row
        If Cells(i, 1) <> "" Then
            KeyStr = Cells(i, 2).Value
            Set Rng = Range("A:A").Find(What:=KeyStr)
            If Rng Is Nothing Then
                KeyStr = Cells(i, 1).Value
                Rows(i).Cut
                Sheets(ResSht).Rows(j).Insert Shift:=xlDown
                j = j + 1
                Do
                    Set Rng = Range("A:A").Find(What:=KeyStr)
                    If Not Rng Is Nothing Then
                        Rows(Rng.Row).Cut
                        Sheets(ResSht).Rows(j).Insert Shift:=xlDown
                        j = j + 1
                    Else
                        Exit Do
                    End If
                Loop
                Do
                    Set Rng = Range("B:B").Find(What:=KeyStr)
                    If Not Rng Is Nothing Then
                        Rows(Rng.Row).Cut
                        Sheets(ResSht).Rows(j).Insert Shift:=xlDown
                        j = j + 1
                    Else
                        Exit Do
                    End If
                Loop
            End If
        End If
    Next
    
End Sub

※並べ替え時に元のデータを消してしまいます。
　必ずバックアップを取って実行してください。

1. 結果用のシートを挿入
2. B1の値がA列に無ければ結果用シートに移動
3. 2.で移動が行われた場合、A1の値がA列の別の行にあれば結果用シートに移動
4. 2.で移動が行われた場合、A1の値がB列にあれば結果用シートに移動
5. 2.～4.を2行目以降、最終行まで実行

こんな感じでいかがでしょうか？
処理が正しくない場合、コメント欄をご参照の上、詳細を教えてください。