現状は手作業で発送業務を行っているのですが、うまくECサイトと連携して行えるようなサービスはありませんでしょうか？？
No.1
「自動 DVD 書き込み」
http://www.jpcltd.co.jp/publisher/JPS100E.html
検索しただけでも1件も見つかりますよ。
連絡してみて、ECと連携できるかどうか相談してみたらどうでしょうか。
金額が現在の手間とつりあうならいいと思います。
大企業の場合は、買ったものを品物で保管、資産管理する会社が殆どだとおもいますのでCD/DVD形式が多くなるのでは？（その保存した画像、次に使う機会があるのか）
まあどちらにせよCD/DVD販売を続けたいのであれば自動化もしくは半自動化の仕組みを考える以外ないと思います。あとそれ専用に人を増やすとか＾＾；
なるべくダウンロードだけで販売したい意向なら送料やら手数料やらを、労力に見合った分だけ請求すればいいんじゃないでしょうか。
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コメント（2件)
・自分でバックアップを作るより、メディアで買った方が早い
→購入者はいつもダウンロード出来る仕組みにする
→メディア作成の料金を別途取れば依頼は減る (販売機会損失にもなる)
・会社で購入する場合、物理的な媒体が無いと検収できない
→いまどきそんな事ない？否！あるところはある。
→収入印紙付きの領収書とか、販売証明書とか（それはそれで手間？)
CDを希望されるお客様は主に公的機関（学校や役所）でして、お固いところが多いのですが、割合として少なくないのでCD/DVDでの販売をやめるわけにはいかず、何か良いサービスがあればと思っております。。。