LinuxのGUIをリアルタイムで書き換えたいのですが、どういった方法があるでしょうか？

具体的に何をしたいかによるんじゃないかな。
外枠ならウィンドウマネージャのように親ウィンドウを変更すれば良いだろうと思うけど、ウィンドウの内側なら書き換えのタイミングと頻度によるんじゃないかな。
x windowはプロセス関係なくウィンドウIDわかれば書き込めるので、マウスクリックやキーボード入力契機なら、そのあとに上書きする方法でも良いかもしれない。
でも、随時書き換わっていく場合だと、キャプチャでそれを追う事は不可能じゃないけど大変かもね。
もしくはいっそx protocolのプロクシ作ってプロトコルレベルで書き換えるか。それはそれで大変かもしれないけど。

返信が遅れて申しわけありません。
具体的にはウィンドウ全体、もっといえば画面全体を書き換えたいのです。
xプロトコルのプロキシとして使えるような出来合いのソフトウェアってあるのでしょうか？
個人的に調べていたところ、xのレイヤではなくフレームバッファデバイスで出来そうなのですが、詳しい情報がなくて混乱しています。