地震発生の仕組みはわかりますが、余震が起きる仕組みがよくわかりません。

活断層のズレが今回の直下型の地震ですが、
どの方向にしろ、かみ合っていた堅い地盤がもともとあった継ぎ目の部分に位置のズレがたまって
人間にわかるほど移動するのが地震です。
　
プレート移動説でわかるように、地盤同士はゆっくり移動してこすりあわされています。
１００年地震がない断層で、本体が５ｍ移動してるのに、
断層では隣の地盤との摩擦がおおきいため、ゆがんだままとまっていました。
ズレが、５ｍと１ｃｍになったら地震になりました。という仮定をします。
　
でも一回の地震で３ｍしか地盤のズレが修正されなかったら、
また近いうちに２ｍ分うごいてしまうかも。
今は地盤がうごいたばかりで、歪みをためておくための摩擦力が小さいので地盤が動きやすいわけです。
たとえばゴムがこすれるときも、ビビッと２回～３回にわけて移動したりしますよね。
　
モデル化すると、こういうことです。
実際は、そのようにキレイに割り切れるものではないです。

ずれてくみあわされた地盤が自重などでまたどこか地盤のはしっこが崩れたとか、
いろいろな新しい細かいズレが生じます。
それがひきおこす地震が、一回目と時間的に近く、最初の移動より揺れがちいさければ、人間からみると「余震」というなまえになるだけです。
東北大震災でも、昨日の一回目の地震の余震かとおもってたのが最大の本震だったということがありました。
こうなると一回目は「前触れ」です。