イラストレーターCS５で作成のデータをPDF保存して、そのPDFを印刷したいのですが大きさが異なります。大きさが変わらない印刷のための設定方法を教えてください

イラストレーターのデータをＰＤＦ形式で保存すると Ａ４サイズ… - 人力検索はてな　２番回答を参照。
アートボードの設定をするとうまくいくようです。

1.イラストレータ→PDF
2.PDF→紙に印刷
の２つの手順のどちらかに原因があります。

1.の場合はなぽりん様の回答どおりで、
2の場合は、PDFビューアーソフトでの印刷設定が原因です。
ソフトにもよりますが、用紙からはみ出ないように、初期設定が自動調整する、となっている場合が多いです。
AdobeAcrobatなら、
・「実際のサイズ」にチェックを入れる
※初期値は「合わせる」になっていると思います。これが"用紙に"合わせるの意味です。

と設定をしておけばいいと思います。

用紙からはみ出ないように、一回り小さくなっているケースはPDFビューアーの
印刷設定を確認してみてください。