組み込みと制御を専門にした仕事をしたいと考えています。

電気工学を専攻しているということであれば、古典制御理論・現代制御理論の理解は問題ないということでしょうか。
マイコン制御という表現をされているということは、ソフトウェアを志向しているということだと思いますが、制御理論は必須です。
回路でやるかソフトウェアでやるかの違いはあっても、振動と遅れとの戦いですので。

運動系の制御では、いまだに C / C++ が主流です。
中間コードを挟むような言語も使われてはいますが、運動系の制御ではカリカリにチューニングすることが求められる場面が多いです。
基本的な最適化はコンパイラがやってくれますが、コンパイラが最適化しやすいコードを書くという意味では最適化の手法についての理解は必要ですし、局所的な最適化では不十分なケースも多々あります。

インラインアセンブラを書く機会もあると思いますので、そちら方面の知識もあるに越したことはありません。

興味があるというドローンですが、この数年はハード屋さんが頑張るフェーズだと思います。
実用化に向けては大型化する方向に向かいますが、重量が増えると安定する半面、飛行持続時間は短くなります。
屋外で使うものですからパーツの耐久性も求められる。

制御という意味ではヘリコプターの方が難しいのです。
回転軸が違うものを協調して制御するよりは、同じ回転軸を持つ多数のローターを制御する方がプログラムは単純になります。
同じものとはいえ、プロペラやモーターは物理的には特性が少しずつ違うので出力ゲインの調整は必要ですが、プログラムとしてはパラメータ化して後は単純なフィードバック制御です。

ドローンと言えば画像処理がついて回ります。
ニュースで取り上げられるのは上空からの撮影という場面が多いですが、実用化の中には自律制御という課題があります。
端的に言えば、障害物を認識して自分で判断して回避行動をするというようなことです。

一昔前に比べると画像認識も格段の進歩を遂げていますが、計算処理が多いとバッテリーを食いますし CPU をいくつも積むと自重にも影響が出ます。
電気工学の分野とはちょっと違った分野ですが、ソフト屋さんに求められるのはこちらの領域だと思います。

組み込み系の仕事をしている人のはしくれです。

僕が思うに、順序があべこべの様な気がします。
よほどサクッと取れる自信があれば、就職活動の武器として有効でしょうが、お金を貯めて技術士補を取得してさらに院へいくってのはちょっとナンセンスな気がします。
技術士補の資格が必要な職種なら就職してからでも取りに行かされます。
ただまあうちの職場で技術士補持ちはいないですね。

ドローン関係の仕事ってのが具体的にどういうことをやりたいのか見えませんが、組み込みS/Wとしては既存のラジコン飛行機とほぼ同じ制御で充分間に合うわけですから、S/W的な開発要素としては、むしろもっと上位のシステムの話になるんじゃないかなと思います。例えば人間が入れない山奥とかに飛ばして空撮した映像を分析するとか、センサを積んで火山の観測をするとか。

ITや制御の勉強も大事ですが、まずは、ご自身がなぜその仕事を志望するのか？という整理と、対象となる業界の研究こそが最優先ではないかなと思います。