Adobe acrobat dc proについて質問です。

私は今本の索引を作成中なのですが、pdfを高度な検索を行う際に、その検索の範囲を指定することは出来ないのでしょうか？

前任から引き継がれたのが紙ベースのものしかなく、紙をスキャンして編集作業にpdfを使用することとなりました。
引き継いだ作業の流れは、索引に載せる項目を書き出す➡その項目が書かれたページを特定する➡本文のその項目にマーキングする➡ページと項目をエクセルに入力する、というものです。

acrobatの有償版だと項目の検索と検索結果のCVSデータ保存をしてくれるので、この中の大半の作業が効率化できました。

しかし、困ったことにこの検索機能だと目次や脚注の箇所も該当してしまうので、かえって手間です。

そこでAdobe acrobatで検索範囲を指定することは出来ないのでしょうか？

あとCVSデータ保存の際には毎回新しいファイル保存になるので、上手いこと処理できないのでしょうか？

よろしくお願いします。