今度新宿で結婚式と二次会に参加予定ですが、結婚式が午前中で二次会が２０時からと時間が空いてます。

・「予約できるロッカー」は私の知る限りではありません。
　
・地方から２０時からはじまる二次会に出るのなら、その夜は宿泊するのでしょうね。
そこで、中間地点にホテルを取りましょう。
宿泊予約をするホテルに今夜宿泊予定だからと荷物を預かってもらったり、できればファストチェックインで部屋もあけてもらって着替えましょう。
日中プランのあるホテルもありますし、レストラン利用だけでもクロークに荷物を預けられるかもしれません。
　
・コインロッカーが空いている朝から使いつづけることで「予約」する手もあります。
午前のあいだ二次会衣装を預ける。
披露宴と着替えがおわったら、朝預けた荷物を取り出していれかわりに披露宴衣装を預ける。←自分のために予約されていたロッカーのような形に。値段も比較的安くすむ。
　
・披露宴の会場で預かってくれるかもしれません。（ただし、あまり遅い時間まではダメだとおもいます）
　
・Suica・Pasmoのつかえるロッカーも増え、乗り換えも便利なので、事前にプリペイドカードをつくっておくほうがよいかとおもいます。でもロッカー自体は現金が多め。１００円玉を多めにもっておいたほうがよいかもしれません。

新宿 - コインロッカーサーチ
コインロッカー空き状況までわかる、「JR東日本アプリ」全機能を解剖──注目のチェックインも試す | アプリオ

新宿駅近くで、荷物を無料で預かってくれるデパートはないでしょうか... - Yahoo!知恵袋
新宿伊勢丹のデパート内、または伊勢丹近くにコインロッカーあり... - Yahoo!知恵袋

コインロッカーではありませんが、私がこの前利用したバーチャルロッカーを検討してみてはいかがでしょうか。

公式サイト：
http://www.vlocker.jp/

予約も出来ましたし、新宿駅のJRの改札口までスタッフの方が荷物を取りに来てくれました。
時間も改札口もこちらで指定できたので、結婚式が終わる時間に合わせて一番 近い改札口を指定ずれば便利だと思いますよ。