祖母がソフトバンクのガラケーを使っています。今まで母もソフトバンクだったので無料通話が出来たんですが、ドコモに乗り換えたため通話代が上がってしまいました。２年縛りで更新まで１年３ヶ月も残っています。こうした場合、それでもＭＮＰでドコモに変えたほうが安くつくんでしょうか？高齢のため、スマホでラインというわけにもいかないんです。

変えてしまった＝契約です。逆にまた変えたら違約金で大きい負担です。
変えた以上は２年間我慢が正解ですよ。
変える前に聞くべきでしたね。

「こうした場合、それでもＭＮＰでドコモに変えたほうが安くつくんでしょうか？」の意味がわかりません。
お母さんはすでにdocomoに乗り換えた。契約が１年以上残っている。違約金も非常に高い。逃れられない。ということですよね。docomoからdocomoに変えるっていう意味がわからない。
とりあえず記載された「こうした場合」の情報だけで考えると、お母さん側の対処としてはご自分のガラケーをdocomoのかけ放題プランにすることです。
　
https://www.nttdocomo.co.jp/charge/new_plan/bill_plan/
ただ、お母さんがスマホの場合はこれではいけないとおもいます。他に格安ＳＩＭもあるのですが、違約金が心配。となれば、おばあさん通話専用のガラケーとその他の人と連絡するためのスマホの２台を持つという手もあります。５０００円よりはやすくなるでしょう。

　
もちろんお祖母様に指示してＭＮＰでdocomoに乗り換えられるとかスマホをもたせてラインをいれさせられるのであれば、そちらのほうがいいとおもいますが。