ブログのデザインテーマを「Brooklyn」に変えました。トップページではサイドバーもきれいに表示されて問題ないのですが、個別の記事を開くとサイドバーのものが記事下（フッター？）部分に全部表示され、サイドバーの部分には何も表示がされないという、おかしな現象が起こりました。

「詳細」→「詳細設定」→「ヘッダとフッタ」で、「フッタ」にこんな感じの設定してますよね。

<div id="bottom-box"></div>
<script>
    ...
}, 1000)</script>

<table>
<tr>
<td><!--  ad tags Size: 300x250 ZoneId:... -->
<script type="text/javascript" src="..."></script>
</td>
</div>

ここの HTML が間違ってます。

直すなら、多分、こうかな？

...

<table>
<tr>
<td><!--  ad tags Size: 300x250 ZoneId:... -->
<script type="text/javascript" src="..."></script>
</td>
</tr>       <!-- ここから -->
</table>

最後の </div> を、</tr> </table> の2行に変更です。