インターネットのプロトコルは規約という意味だとずっと思っていましたが、儀礼という意味も込められているからプロトコルというのでしょうか。つまり、同じレイヤ(階層)において、送信者が用いたのと同じプロトコルに合わせる必要があるという意味があるのでしょうか。もしそうならば、何かの標準・規約で「送信者が用いたのと同じプロトコルに合わせる」ようなことを、指示する、確認する文言があったら教えてください。英語でも日本語でもかまいません。

ネットワーク関連は畑違いなのでもしも勘違いしていたらすみません。
僕思うに、の範囲ですが、インターネットのプロトコルについては「取り決め」という意味しかないと思います。

あと、質問者さんの表現が少しひっかかったのですが

「同じレイヤ(階層)において、送信者が用いたのと同じプロトコルに合わせる必要がある」
これはまさしくその通り。ただ、

何かの標準・規約で「送信者が用いたのと同じプロトコルに合わせる」ようなことを、指示する、確認～

これはちょっと変な感じがします。
規約で同じプロトコルに「合わせる」んじゃなくて、
通信をするために同じ手順（＝プロトコル）を使う、ということなんじゃないでしょうか。

たとえば、フネが使う手旗信号も決められたプロトコルに従わなければ当然通信自体が成立しないわけで。
それとおんなじことじゃないのかな、と。

FTPやHTTPの応答を指定する例は、あてはまるでしょうか。
RFC7231の5.3ではAccept系のパラメータについて規定があります。
RFC 7231 ? HTTP/1.1: Semantics and Content （日本語訳）