会社から強要される自己研鑽に疑問を感じます。

強要とありますが、刑法の強要罪に当たるほどでもなく、不利益取り扱いとして結果として強要的になる事と思います。
微妙にも思いますが、この資格を取れ、と指示されているわけではなく、取れば評価が上がる、ないし、取らないと評価が下がるという事なので、厳密には取らなくとも良い訳です。資格を持っている人間の方が評価されるのは、ある意味、当然というか自然というか仕方ないというか、どうしても見える部分で評価されやすいので、現代の日本社会では一般的と思います。これが特に問題になるほどとも思えず・・・
ただし、下がる程度は問題になります。
原則として不利益変更は当人の同意が無ければ違法であり、一般的や、就業規則の評価範囲を逸脱するような事は違法と言えます。

副業が正式に認められている会社なのかどうかは分かりませんが、評価が下がって減った分の給与を副業で補うという考え方は出来ませんか？

＞資格取得の目標を達成できないと、評価が下がります。
とありますが、これは正しいでしょうか。
月給20万円の人が、資格取得できないと月給18万円にさがるというようなことが起こっているのであれば問題です。
逆に、月給20万円の人が資格取得の目標を達成できれば月給22万円に上がり、達成できなければ月給20万円の現状維持、というのであれば問題ありません。

もやもやするのは、１日８時間の拘束時間以外の頑張りが評価に反映されているところだと思います。
公平じゃない、と。
しかし、雇用主から見れば、プライベートの時間も使って頑張っている社員とそうじゃない社員を比べると、頑張ってくれている社員には報いたいと思うものです。
公平に考えて、です。

どちらも公平に考えての結果ですので、もしこれが嫌なら、そうではない会社（雇用主の元）に転職するか、個人事業だけで食えるようにするしかないですね。

ただ、現在は「働き方改革」等、働き方に関する意識が変わっている過渡期でもありますので将来的には、nyaromenyaromeさんの様な考え方がメジャーになり、会社の評価制度も変わるかもしれません。