これまで第3春日丸ではてなダイアリーにて利用させていただきましたが終了のため、記事等変わっていません。了解はしていますが6月末には自動切り替えができるのでしょうか。期限が過ぎていてこちらでは切り替えができないのでしょうね。

はてなダイアリーからはてなブログへの自動移行は6月30日までに終了すると書いてありますが、もともとはてなダイアリーのサービス終了 (手動移行期限) が2月28日の予定だったのが、2月末に手動移行が集中したために3月6日に急きょ延長されたということもありました。
この1週間のあいだに手動で移行されたかたも多数いますが、はてなダイアリーはもともと利用者数がおおく、移行されなかったかたも多数います。そのため、全員の引っ越しを一度におこなうのはシステムの性能上不可能で、1ユーザーごとまではいかないものの、数百ユーザーごとにわけておこなっているとおもわれます。
さらに、各ユーザーの投稿数にもよりますが、投稿数がすくないユーザーだと数分でおわりますが、投稿数がかなりおおいユーザーだと移行だけで数日かかることがあります *1 。
とはいえ、ブログはながつづきしないユーザーもおおく、はてなダイアリーもその例外ではないため、6月中には全員の自動引っ越しは完了するとおもいます。(引っ越しされるユーザーの順番は非公表のようでいつ引っ越しの順番がまわってくるかはわからない)

どうしてもこのあいだに記事を書きたい場合で、ブログが2つ (新規記事用とダイアリー移行用) に分離してもいいのであれば、はてなブログの管理画面から、新規のブログを作成することは可能です。

もっと詳細を知りたい場合は、はてなに問い合わせることも可能です。