出来るだけ多く教えていただけると助かります。
No.1
小人（こびと、しょうじん、しょうにん）
上手（じょうず、うわて、かみて）
男女（だんじょ、なんにょ、おとこおんな）
刺客（せっかく が本来だが慣用音として、しかく、しきゃく）
なお二重投稿になっているので、もう一方は削除しましょう。
No.2
表面：ひょうめん・おもてづら・おもてめん
十分：じゅうぶん・じっぷん・じゅっぷん・じゅうぶ
最中：さいちゅう・もなか・さなか
生物：せいぶつ・いきもの・なまもの・しょうもつ
外来語を日本語の漢字に落としてっしまっているものであれば結構いろいろあると思います。
麦酒：ばくしゅ、ビール
扁桃：へんとう、アーモンド
鋼玉：こうぎょく、サファイヤ、ルビー、コランダム
人の名前や地名になると限りなく存在します
神戸：こうべ・ごうど・かんべ・かみと・じんこ
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本を読んでてもういっちょ思いついたので蛇足ながら描く。
一日：ついたち・いちにち・あるひ・いちじつ・ひとひ・さくじつ
二重：にじゅう・ふたえ・にのじゅう・ダブル
こういう数字がつくのも多そうだな
ひつこくてごめん
「何」が付く言葉がすごそうだ。
何方：どなた、どっち、いずかた、どちら、いずち
何人：なんにん、なんぴと、なにじん、なんびと
何時：なんじ、いつ、なんどき