MCTオイルは体にいいと言われますが、直接ココナッツオイルを食べれば、大差がないでしょうか？

過剰摂取を防ぐためには、成分を抽出「しない」方がいいでしょうね。

そもそも、以前は脂肪は必須栄養素ではないとされていましたが、後にリノール酸（ω6、栄養成分表示上はn-6の一種）が必須脂肪酸だと分かって、リノール酸が健康に良いと誇張して言われて、今度はリノール酸の過剰摂取の問題が出てきて今度はリノール酸が健康に悪いと言われるようになったわけです。後にα-リノレン酸（ω3、栄養成分表示上はn-3の一種）も必須と判明しました。

今度はMCTオイルが健康に良いと誇張して言われて過剰摂取の害が生じかねませんから。