3dsは上画面をHDにしたためﾄﾞｯﾄ画面対応のdsｶｾｯﾄでは合わず､画質が悪くなるのです｡まぁ無理やりﾃﾚﾋﾞ画面の端子をﾄﾞｯﾄにしたようなものですよ｡ｶｸｶｸしますね｡3ds用に画質を作ったCMがTVで流されたとき､画質が最悪でしたよね？あれとおんなじです｡

画面解像度が違っているからです｡
3DSは､画面解像度が上は400x240､下は320x240ですが､DSは上下ともに256x192です｡
解像度が違うため､DSのｿﾌﾄを3DSで動かすときに画面いっぱいに表示するためには拡大する必要がありますが､拡大率が整数倍ではないために若干ぼやけたような表示になってしまいます｡

ちなみに､3DSでDSｹﾞｰﾑを起動する時にSELECTないしSTARTﾎﾞﾀﾝを押しながら起動すると､拡大処理を行わなくなりますので綺麗に表示されます｡ただし拡大しないので表示ｻｲｽﾞは小さくなってしまいます｡

簡単に言います
もともとDSのために作られてｿﾌﾄなので､画面の大きさが違い変に見えるのでしょう｡