フォーカスを奪う各アプリケーションに寄ると思います。
Windows7でもアプリのよってはタスクバーが点滅するものはそうなりますし、XPでもフォーカスを奪うものは奪います。
>そのアラートが出たアプリケーションにフォーカスが移ってしまいます。
それはアプリケーションの仕様です。
それっぽい内容がabout本家の方にありました。
なお、実際に動作試験した訳ではないのであしからず。
http://pcsupport.about.com/od/windowsxp/ht/stealingfocus02.htm
因みに、ソフトにもよるのでしょうが私の環境(Win7Ulti)では特にフォーカスが奪われると言うことはありません。