たとえばこんな関数を用意してみてはいかがでしょうか｡

function ifset($expr1, $expr2 = NULL) {
 if (isset($expr1))
 return $expr1;
 else
 return $expr2;
}

もし1番目の引数が未定義の変数だった場合には､2番目の引数で指定した値(省略時はNULL)が返ってきます｡

$animal = array("いぬ", "ねこ");
$animal1 = ifset($animal[0]); // "いぬ"
$animal2 = ifset($animal[1]); // "ねこ"
$animal3 = ifset($animal[2]); // NULL

とりあえず例を3つほどあげておきますが､
たいていの処理は､配列のままで扱ったほうが楽だったりします

何のために個別の変数に入れなければならないのか知りませんが､
個別の変数にする必要が本当にあるのかについては再考の余地があるでしょう

(1)switchを使った例
ｺｰﾄﾞとしては一番見やすいかもしれない

<?php
$animal=array("いぬ", "ねこ","ｲﾝｺ");

$animalCount = count($animal); # 何度もcountするのは無駄なので先に行っておく
switch (true) {
 case ($animalCount >= 3): $animal3 = $animal[2];
 case ($animalCount >= 2): $animal2 = $animal[1];
 case ($animalCount >= 1): $animal1 = $animal[0];
}

(2)3項演算子を使った例
こまめな変更にも対応できるけれど､
似たような事を何度も繰り返すのはｺｰﾄﾞの間違いを見つけ難い

<?php
$animal=array("いぬ", "ねこ","ｲﾝｺ");

$animal3 = (isset($animal[2]) ? $animal[2] : '');
$animal2 = (isset($animal[1]) ? $animal[1] : '');
$animal1 = (isset($animal[0]) ? $animal[0] : '');

(3)evalを使った例
phpでphpのｺｰﾄﾞを生成できてしまうeval
一見すると非常に便利なのだけど､
php上級者でもﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑをﾐｽする可能性が高く､
非常手段的なものとなります

<?php
$animal=array("いぬ", "ねこ","ｲﾝｺ");

if( ($animalCount = count($animal)) > 0 ) {
 for($i = 1; $i < $animalCount; $i++) {
 eval('$animal' . $i . ' = $animal[' . ($i - 1) . '];');
 }
}

<?php
$animal = array("いぬ", "ねこ","ｲﾝｺ") ;

for ($i = 0; $i < count($animal); ++$i) ${'animal'.($i+1)} = $animal[$i] ;

配列の要素の数だけ変数に代入したいなら

<?php
$animal = array("いぬ", "ねこ","ｲﾝｺ");
foreach ($anima as $i=>$val) ${'animal' . ($i + 1)} = $val;
?>

常にn個の変数に代入したいなら(配列にないものはnull)

<?php
$n = 5;
$animal = array("いぬ", "ねこ","ｲﾝｺ");
for ($i = 0; $i < $n; $i++)
 ${'animal' . ($i + 1)} = isset($animal[$i]) ? $animal[$i] : null;

?>

他のｺﾒﾝﾄを読んで配列のままでも対応可能なのと､前処理としても使えるので､配列に空文字入れておく方法を｡

<?php
for($i = count($animal); $i < 3; $i++) {
 $animal[$i] = '';
}

と書いて､もしかしてと思って調べたら､ちゃんとそういう関数ありました｡
http://www.php.net/manual/ja/function.array-pad.php

$animal = array_pad($animal, 3, NULL);

こういう程度だと効率とか考えるほどではないので､好みとか分かり易さかなと思います｡
上記も後者だと､array_padの"pad"の意味がﾊﾟｯと出てくるようなら分かり易いけれど､そうでないなら前者の方が分かり易いかなと｡あと､この処理もその一つだけれど､他にﾊﾞﾘﾃﾞｰｼｮﾝとかmysql_real_escape_stringとかが必要なら同様にﾙｰﾌﾟで回すのもありかと｡
で､これも好みで分かれて､

<?php
for($i = 0; $i < 3; $i++) {
 $animal[$i] = isset($animal[$i]) ? mysql_real_escape_string($animal[$i]) : '';
}

<?php
for($i = 0; $i < count($animal); $i++) {
 $animal[$i] = mysql_real_escape_string($animal[$i]);
}
for($i = count($animal); $i < 3; $i++) {
 $animal[$i] = '';
}

あと､長い3項演算子は読みにくいからif使うとか､array_mapとarray_pad使うとか､よその部分の流れで決めるとか､気分とか｡