処理速度が 速くなるということです｡

いちいち PHP側と ﾃﾞｰﾀのやりとりをしなくてすみますので
当然ながら その分 速くなります｡

また PHP側のﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑを作らなくてすむというﾒﾘｯﾄがあります｡

PHP側で作るにしても まず DB上で 動くものを作ってから PHP側のｲﾝﾀｰﾌｪｰｽみたいな箇所の作成となりますからね｡

大掛かりなﾊﾞｯｸｱｯﾌﾟなどは､
そのﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ用に用意されている専用ﾂｰﾙをﾊﾞｯﾁ起動しますね｡

｢処理速度が 速くなる｣という回答がありますが､
phpからﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽに対してSQLを投げてしまえば､
どのみちﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ側の処理となりますので､
最近のｻｰﾊﾞｰであれば差はほとんど出てこなかったりします｡
早さを問題視するならば専用ﾂｰﾙを検討すべきですから､
ｽﾄｱﾄﾞを選ぶ理由としては弱いものです｡

逆に､phpなどを使う利点としては､
状況にあわせてSQLそのものを書き換えるなども容易であり､
さらにはﾄﾗﾌﾞﾙ時にﾒｰﾙ送信するといったような仕組みまでも､
自由に構築しやすいってところにあります｡

ｽﾄｱﾄﾞでもﾄﾗﾌﾞﾙに対してはﾛｸﾞを見るようにすればいいのですが､
直感的ではありませんし､ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ操作に長けている人でも､
ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽの運用管理に長けているとは限りませんので判り辛いでしょう｡
(ﾚﾝﾀﾙｻｰﾊﾞｰなんかだとﾛｸﾞを見れない場合も多かったりしますよね)

ちょっと長くなりましたが､
一般的というならば｢ﾊﾞｯｸｱｯﾌﾟ用のﾂｰﾙを使う｣が返答になるでしょう｡
次に､phpなどからSQLを投げる方法｡
最後に､ｽﾄｱﾄﾞ登録しておいてﾊﾞｯﾁ起動あるいはphpなどから呼び出す方法｡